金厦海域翻船事件冲击两岸关系，台湾行政院长陈建仁呼吁两岸理性、对等与合作，维护金厦海域安全；台湾国防部长邱国正则担忧两岸擦枪走火，并称为避免战争，台湾军方不会主动介入。
大年初五（2月14日），一艘中国大陆快艇进入离金门0.86海里（约1.6公里）的金厦海域（大陆称厦金海域），被台湾海巡船追缉时翻覆，导致船上四人全落海，最终两人溺毙。
事发六天后的星期二（2月20日）上午，六名死者家属在三名中国大陆红十字会人员、一名律师陪同下，一行10人抵达金门，先到殡葬管理所认领尸体，下午火化遗体，准备星期三上午把骨灰带回家乡安置。
两名生还船员，星期二下午4时30分已遣返大陆。徐姓船员透露，台湾海巡人员对他们很好，还送了新衣服。两人通关后在候船贵宾室喝茶等船，并向媒体挥手致意，但被问到事发经过时都三缄其口。
这起事件引发北京首次公开否定台湾方面划定的水域线。根据台湾施行的两岸人民关系条例，在金门和马祖等外岛，离岸24海里是限制水域，离岸12海里则是禁止水域。
台湾海巡署称，大陆渔船是侵入金门的禁止水域，且蛇行拒检才不慎翻覆。大陆海警2月18日宣布将在该海域开展常态化执法巡查，大陆国台办同日表态坚决支持，并称两岸不存在“禁止、限制水域”。
随后，大陆海警连续两天进入金门的禁限制水域。据台湾海巡署证实，2月20日上午9时10分，一艘大陆海监船进入金门禁限制水域，台湾海巡艇前往伴航驱离，以无线电和艇外广播器告知不得航入禁限制水域。双方对峙一小时后，大陆海监船才航出金门限制水域，结束紧张状态。
在前一天，大陆海警首次出动六艘执法船进入金门限制水域，并深入紧贴禁止水域巡查，还登上一艘观光船临检。
陈建仁星期二在立法院新一届院会开议前接受媒体联访，呼吁两岸海警和海巡禁止非法船只进入禁止和限制海域，并希望两岸理性、对等与合作，维护金厦海域安全，也让两岸人民健康有序交流。
邱国正进入议场前受访时则说，为避免战争和及升高冲突，军方不会主动介入。他坦言，国防部很担忧两岸擦枪走火。
代表死者家属发言的泉州晋江市红十字会高级顾问李朝晖接受联访时说，台方粗暴驱离福建渔船，导致两名渔民遇难，引起大陆各方强烈愤慨，严重伤害两岸同胞感情。他的任务是了解事实真相，协助善后、带回生还者，并要求台湾方面认真对待家属的正当关切，配合处理善后事宜。
台湾海洋委员会主委管碧玲说，未来台湾船舶若遇大陆海警登检，可依标准程序不停留或转弯避开，并第一时间通知海巡协助。她透露，因事发突然，海巡人员追缉影片仅短短五分钟，“事证分散”，因此决定先交由检调调查，过后才公布结果。
另据中时新闻网引述消息称，事发当天台湾海巡船与大陆快艇在海上展开激烈追逐，不慎擦撞，导致快艇翻覆、四人落海，海巡队员急着救人，还来不及录影。
据报道，海巡署派出的这艘崭新多功能快艇，因空间狭小没有装置自动录影系统，得靠队员自行录影，导致如今陷入“没图没真相”和各自表述的窘境。
