对于台湾陆委会主委邱垂正称金门翻船案达成共识是由政府主导，中国大陆国台办强调，事件善后沟通与两岸协商谈判无关。
据中新社报道，国台办发言人陈斌华星期三（7月31日）说，“214”恶性撞船事件的基本事实，是台海巡人员用粗暴危险方式对待大陆渔民，造成人员死亡。大陆有关方面高度关切。受遇难者家属委托，晋江市红十字会与台湾有关方面联系沟通，使善后相关事宜得以解决。
陈斌华说，大陆有关方面历来重视渔业资源的保护和相关海域正常秩序的维护，近年来采取各种措施，加强对渔民出海生产管理，“对台湾渔民，我们也始终以同胞情谊相待，在沿海设立台湾渔民接待点，为台湾渔船、渔民提供避风、补给、供水、抢险救助等帮助。”
他说，台湾有关方面应当尊重两岸渔民长期在传统渔区作业的事实，停止抓扣大陆渔船和用粗暴危险方式对待大陆渔民，保证渔民生命财产安全。
今年2月14日金厦水域发生执法意外，一艘大陆渔船为了躲避台海巡艇追缉翻覆，造成两名大陆渔民死亡。此后两岸双方经15次协商仍未突破僵局，大陆渔民遗体冰冻在金门殡仪馆，渔船一直被停放在第九海巡队内。
延宕五个多月的“214”金门翻船案协商本星期二（7月30日）终于达成共识，台湾归还大陆渔民的遗体和渔船，但台湾海巡署以尊重家属为由拒绝透露协商细节。
台湾陆委会主任委员邱垂正星期二下午在台北召开记者会，说明协商结果时表示，这次事件能达成共识，基本上是双方释出善意，用诚意化解歧见，共同用善意理解，然后持续努力才有达成共识的可能，“我们对此感到肯定与感谢”。
至于台湾政府如何定调这次两岸协商模式，邱垂正则说，两岸互动30余年来，双方一直透过各种不同方法和模式，进行意见的沟通及交换。他强调，不管外界称它是两岸两会模式、金门模式、澳门模式、事务性协商、小两会等等，所有重点都在于是政府主导，“官方才具有公权力，才能维护国家安全及民众的福祉”。
