金门翻船事件发生三个多星期以来，真相未明，两岸相互指摘，情势剑拔弩张。 金门友人感慨道，过去类似事件不少，都由两岸红十字会人员协商处理，最后多半赔钱了事，不晓得台湾官方这次为何要介入协商，把事情越搞越大？
友人表示，目前生活如常，但要经由小三通到厦门办事，对岸海关人员的态度“明显紧了一些”。 他不认为中国大陆会攻打金门，但担忧台湾往返金门的运补船只，可能因大陆海警船频繁在金厦海域巡防而受影响。
眼见两岸舰艇在金厦海域对峙，国防部长邱国正坦承，两岸状况严峻，每天提心吊胆，难以入眠。 退除役官兵辅导委员会主委冯世宽提及20多年前担任国防部情报次长到金门视导，“两岸渔民非常和谐，越界的一定会请回来，不是关，而是扣留两天、 三天，大家很平和地再放回去，我们也会被他们这样子（对待）”，希望能回到过去两岸以智慧保持平和的年代。
大陆渔民越过台湾单方面划设的禁限制水域捕鱼被驱离或被扣船并非新鲜事，但事件被升高到政治层次确实罕见，难怪台湾有各种政治动机揣测。
台湾官方将2月14日金门翻船事件定调为，海巡署依法取缔“三无”（无船名、无船舶证书、无船籍港登记）船只，造成两人死亡，海巡并无过失，愿从人道立场致赠抚慰金，并由司法机关厘清真相。
但包括海委会主委管碧玲在内的海巡官员说词反覆，前后矛盾，也拿不出依规定应拍摄的录影带，连在野党都无法苟同。
立法院内政委员会本周安排“金门撞船案”专题报告，曾担任五届立委的管碧玲若不赞同此名称，不会不清楚须与内政委员会召集委员高金素梅协商之理，却首开先例在脸书指责“那是违背事实的名词定位”，激起在野国民党立委怒火，再多次以捍卫海巡人员尊严为由，指责内部不团结，无法一致对外。
连任七届立委的高金素梅也不是省油的灯，她揭露管碧玲私下传送的简讯，质疑管想用海巡原住民同仁升迁“交换”同意擅改报告名称；也从民进党立委苏巧慧和海巡署长周美伍的作球套招问答中，再追问出海巡署既有雷达航迹图，也有事发当时回报指挥管制中心的全程录音。 高金强调，正是这种挤牙膏方式的说明，才会造成外界那么多疑虑，两岸紧张态势升高。
管碧玲不断表示，大陆将责任归咎她一人，她一直在忍耐。 马祖选出的国民党立委陈雪生语重心长说，金（门）马（祖）地区的民众都很委屈，“马祖对面是我们的堂兄弟、叔伯和亲戚”，“你看过公鸡跟蚱蜢谈判吗？啵一口就没有了！”对于管碧玲强调 ，大陆意图将此事升高为政治是事件根源，陈雪生很无奈地说，美国五艘航母不会到金马海域，他呼吁彼此多忍耐，不要让金马从和平区又变成前线。
管碧玲等人称相关证据都交给检调，却又释出信息给民进党立委王定宇对外放话，称大陆代表曾要求台湾海巡人员到大陆接受讯问，反问如此一来台湾还有主权吗？ 海巡署副署长许静芝再证实，陆方有此要求，沟通后未再提出。 金门立委员陈玉珍则澄清说，是死者家属欲当面请教海巡人员事发经过，但海巡署婉拒。
大陆代表因此指责管碧玲出尔反尔、歪曲事实、推卸责任，拂袖而去，撂下话“后果由民进党官方负责”。
在此同时，民进党也将炮口对准国民党和甫自大陆访问返台的国民党副主席夏立言，指责他们不为辛苦执法的海巡发声，反而附和中共说法。 国民党则质疑民进党不设法解决两岸僵局，却回过头来抹红国民党，是要制造问题还是解决问题？
撇开政治争论，就事件本质而言，即使大陆渔船违法越界捕鱼，罪不至死，如同警察在路上追捕逃犯，也不能开枪打死人。此时应尽速查明真相，若非海巡人员之过，也应还其清白。
其次， 大陆方面要求两方一起验尸查明真相，台湾坚持要由台湾司法机关调查结果。 设身处地，若是台湾渔民被大陆执法人员碰撞而亡，台湾能接受大陆司法机关单方调查结果？
再者，若真为海巡人员着想，台湾政府更应寻求红十字会等过去有经验且有互信基础的人士化解危机，而非让海巡人员经常在金厦海域“驱离”比自己大十倍以上吨位的大陆海警船等。 若大陆舰艇日后至澎湖或台湾本岛周边巡防，届时海巡乃至国防人员又应如何应处？
